Covid-19

Sud-Ouest du 4 février 2022

Ouest-France du 3 février 2022

Covid-19. Voici ce que l’on sait sur les risques de réinfection après avoir été positif à Omicron

Sur les réseaux sociaux, les témoignages de Françaises et Français réinfectés par le coronavirus quelques mois après une première infection se multiplient. Pourquoi le variant Omicron passe entre les mailles de l’immunité par contamination et quels scénarios cela laisse-t-il planer sur l’évolution de l’épidémie ? On fait le point.

Un test PCR, place du Ronceray, dans le quartier de la Poterie à Rennes, le 11 septembre 2020. Photo d’illustration. | PHILIPPE RENAULT / OUEST-FRANCE

Faire partie des personnes n’ayant jamais contracté le Covid-19 au cours des deux dernières années relève un peu plus de l’exploit à mesure que la pandémie se poursuit. D’autant que le nombre de Français et Françaises ayant contracté le virus deux, trois ou même quatre fois semble lui aussi augmenter. Car la réinfection, si elle existe depuis le début de l’épidémie, semble s’être accrue depuis le pic de la vague Omicron.

Si le nombre de contaminations décline depuis plusieurs jours en France, un record de 9,585 006 millions de cas a été enregistré en janvier. Ce sont autant de personnes dont le système immunitaire a été exposé au virus récemment.

Ces nombreuses contaminations sont principalement dues au variant B.1.1.529, ensuite rebaptisé Omicron. Apparu en Afrique du Sud aux alentours du 8 novembre, il est majoritaire en France depuis le 31 décembre.

Plus contagieuse mais moins virulente, cette souche du Covid-19 semble aussi rebattre les cartes de la protection que confère une contamination face à une infection future. Alors que sait-on des cas de réinfection, parfois un ou deux mois après un premier test positif ? On récapitule.

Infection et vaccination, une protection différente

Lorsque l’on reçoit une dose de vaccin, cela permet à notre système immunitaire de reconnaître la protéine Spike (S) du virus et de produire des anticorps capables d’évacuer le virus de notre corps de manière efficace pour ne pas subir les effets de la maladie. Cette protéine est en quelque sorte la clé qui permet au Covid-19 d’entrer dans nos cellules et donc de nous infecter.

L’ensemble des vaccins actuellement utilisés en France ont été produits pour contrer la souche originelle du virus, la souche Wuhan. L’apparition des variants Alpha, Delta puis Omicron a donné au virus de nouvelles clés pour contourner la protection conférée par les vaccins. Cette dernière mutation présente par exemple 32 différences dans la construction de sa protéine S par rapport à la souche de base.

Mais on le sait depuis longtemps, être infecté au Covid-19 donne aussi une relative protection qui prémunit d’infections futures à une même souche. Car quand nous contractons le virus, notre corps car il le combat, connaît les armes pour s’en défaire à nouveau et même de manière plus complète. C’est pour cette raison qu’on considère que l’immunité par infection permet ensuite de générer « une réponse plus diverse et un répertoire plus complet de protéines du virus qui peuvent être combattues » que la vaccination, précise Stéphane Paul, immunologue au CHU de Saint-Etienne.

Toutefois, la durée de protection conférée par une infection au variant Omicron est encore inconnue et plus l’infection est virulente, plus les anticorps générés ensuite seront efficaces. « C’est pour cette raison que miser sur le fait qu’une infection à Omicron va protéger comme un vaccin est une erreur », insiste Claude-Agnès Reynaud, directrice de recherche et immunologiste à l’Institut Necker-Enfants malades.

Car les doses vaccinales ont l’avantage d’être très efficaces contre les formes graves du virus, et ce, même à l’épreuve du temps. Car nous pouvons schématiser nos défenses immunitaires en deux lignes successives. « Si la première a une moins bonne reconnaissance du virus » et donc n’empêche pas la contamination, « il y a une seconde protection qui est l’immunité cellulaire qui est plus vaste et va contrer le virus pour éviter les formes graves », précise Yannick Simonin, virologue à l’Inserm à Montpellier. Et dans le cas d’une infection qui suit la vaccination, elle agit alors comme une dose de rappel, qui restimule la première ligne de défense.

Lire aussi : Que sait-on de l’efficacité des vaccins face au variant Omicron ?

Omicron favorise l’« échappement immunitaire »

Par rapport aux variants qui l’ont précédé, Omicron semble recontaminer davantage. Sur les réseaux sociaux, plusieurs citoyens disent avoir été contaminés en décembre ou même début janvier puis recontaminés un mois plus tard. Ces témoignages mettent à mal l’idée d’une protection conférée par une infection à hauteur de 85 % durant six mois lors de la vague liée au variant Delta. Et c’est justement car nous sommes désormais face à un variant différent.

Une étude de l’Imperial College de Londres démontre que le risque d’être réinfecté en Angleterre après avoir été infecté par le variant Omicron est 5,4 fois plus élevé qu’avec son prédécesseur. Cela fait chuter la protection après contamination à 19 %, selon cette publication. Ces dix derniers jours, l’Angleterre suspecte d’ailleurs qu’un nouveau cas positif enregistré sur dix est le fait d’une réinfection.

Nouvelles données très intéressantes en provenance d'Angleterre ce soir.

Ces derniers jours, environ un nouveau cas positif sur dix correspondait à une suspicion de réinfection (une personne testée positive une première fois il y a au moins 90 jours). #Covid19 #Omicron pic.twitter.com/qOBrf8Yr82

— Nicolas Berrod (@nicolasberrod) January 31, 2022

Être réinfecté alors qu’on a déjà été contaminé, c’est précisément le principe de l’échappement immunitaire, explique Stéphane Paul. « Quand on se fait vacciner ou qu’on est contaminé, on génère une panoplie d’anticorps. Le virus par ses mutations parvient à contourner cette réponse induite et à quand même contaminer des personnes théoriquement protégées. »

Des vagues successives et un variant inédit

Mais alors pourquoi des hommes et des femmes sont-ils et elles contaminés plus fréquemment et à intervalle plus court ces dernières semaines ? « Le plus probable c’est d’avoir deux infections consécutives dues à des variants différents », répond Yannick Simonin.

Car la France a connu deux vagues successives et très rapprochées. D’abord la vague Delta fin décembre, qui s’est muée en vague Omicron à partir de début janvier. Les personnes réinfectées peuvent donc avoir contracté le variant Delta, puis le variant Omicron.

Et le sous-lignage d’Omicron, BA.2, qui comporte une dizaine de mutations de plus que son « grand frère », pourrait favoriser ce processus en agissant comme un nouveau variant passant entre les mailles de l’immunité conférée par l’infection au variant « originel ». C’est l’hypothèse avancée par le ministre de la Santé Olivier Véran, dans une interview sur LCI .

Autre hypothèse : une exposition accrue au virus, qui se vérifie d’ailleurs dans les importants chiffres de contaminations. « Les milieux de transmissions sont plus denses car il y a plus de contaminés et le variant Omicron se transmet plus facilement », estime Stéphane Paul. Selon lui, le niveau de contaminations serait encore largement sous-estimé.

Enfin, la cinétique du virus induite par le variant Omicron est elle aussi différente et ne favoriserait pas l’impression de défenses très efficaces dans notre système immunitaire. « Ce variant n’est capable d’infecter que la sphère respiratoire haute, on le retrouve très rarement dans les bronches et les poumons. L’infection dure donc en moyenne moins longtemps qu’avec les variants précédents et ne génère pas systématiquement une aussi bonne protection que les variants précédents », ajoute l’immunologue.

Qu’est-ce que cela présage ?

Si aucune étude n’a encore permis d’arrêter une durée d’immunité conférée par le variant Omicron, les récentes observations permettent de dessiner les contours probables de l’évolution de l’épidémie. Car le variant Omicron prouve que si la vaccination protège des formes graves, il n’y a quasiment aucune manière de bloquer sa circulation de manière intense.

Avec des réinfections rendues possibles quelques mois après avoir été contaminé, « on pourrait avoir des vagues épidémiques tous les trois mois », estime Stéphane Paul. Car l’immunité réduite après infection contrevient à l’idée répandue ces dernières semaines d’atteindre une forme d’immunité collective.

Olivier Véran avait d’ailleurs estimé fin décembre qu’Omicron « change la donne » par rapport aux mutations observées par le passé.

Mais concernant ce variant, tout reste à préciser. « Les études sur Omicron commencent tout juste à arriver, rappelle Claude-Agnès Reynaud. On a encore beaucoup à apprendre. On est en direct et les résultats scientifiques n’arrivent pas aussi vite que les évolutions de l’épidémie »,conclut-elle.

L’arrivée d’un nouveau variant à la structure différente de ses prédécesseurs pourrait aussi donner un nouveau souffle à l’épidémie et à la réponse à y apporter. C’est d’ailleurs pour cette raison que les scientifiques invitent la population à recevoir une dose de rappel, pour éviter de donner au virus l’opportunité d’évoluer via une forme grave.